1棉花学报应有中英文对照的题目、摘要、关键词(3～8个)、作者姓名、单位、详细通信地址和邮政编码。论文题目一般不超过20个汉字。第一作者须注明性别、出生年、学位及Email。作者及其顺序严格按版权转移及文责声明排列。

2棉花学报研究论文反映我国植物分子生物学和分子育种领域在基础理论、应用研究和高新技术开发方面的、在国内外公开出版的刊物上尚未发表过的原始研究工作报告。

3棉花学报研究报告为争取时间以简要的形式发表的原始研究工作报告。论文篇幅要求在5-8个印刷页面左右。

4棉花学报专题介绍主要介绍植物分子生物学与分子育种领域的文献综述性论文。论文篇幅要求在6个印刷页面以上。

5学位论文简报主要刊登博士学位论文及优秀硕士论文之大摘要。篇幅要求在2个印刷页面。中英文同时刊登。

6新基因、新种质、新品种主要刊登具有自主知识产权的新基因，经过鉴定或品种审定的新材料及品种。篇幅要求在6个印刷页面左右。

7新思路、新技术、新方法主要刊登我国学者自主发明的新思路、新技术和新方法。篇幅要求在6个印刷页面左右。